本发明公开了一种固定化微生物酶转化棘白菌素B的方法，属于生物工程领域，包括以下步骤：(1)犹他游动放线菌发酵，收集菌丝，利用细胞破碎仪，采用超声破碎的方法使细胞破碎，离心取上清液，得棘白菌素B脱酰酶的粗酶液；(2)向步骤(1)中的粗酶液中缓慢加入硫酸铵溶液，得沉淀；(3)将步骤(2)中的沉淀溶解于缓冲盐水溶液中；(4)向步骤(3)中加入海藻酸钠，搅拌均匀后滴加预冷的氯化钙水溶液，置于冰箱过夜，过滤得固定化微生物酶；(5)将棘白菌素B溶解乙醇中，并加入步骤(4)所述的固定化微生物酶，转化收集滤液，得棘白菌素B母核溶液。转化率高，转化时间短，产物易分离，转化液色素少，固定化酶易于保存且可重复使用。