本发明提供了一种高氮污染土壤修复剂及其制备方法和应用，制剂包括以下重量份的成分：稻糠900～1100份、硫酸镁1～2份、硫酸锌0.1～0.2份、硼酸0.01～0.10份、钼酸铵0.00～0.01份，枯草芽孢杆菌菌剂9～11份，所述枯草芽孢杆菌菌剂中有效活菌数为4×109～6×109cfu/g。本发明采用添加硫酸镁、硫酸锌、硼酸和钼酸铵肥料对稻糠加以改性，可显著改善枯草芽孢杆菌除了氮素之外的营养物质组成结构，充分满足微生物最大生物量的形成条件。因而通过在改性稻糠中接种枯草芽孢杆菌而得到本发明所述修复剂，能够显著提高微生物接种稻糠对土壤中高氮素的生物吸收与固定速率。本发明操作简单，处理后制剂在土壤中可转化为土壤有机氮化合物，改良土壤和缓释养分，无二次污染，具有良好的经济和环境效益。