本发明公开了一种高EPA、DHA含量的深海鱼油的加工工艺，包括鱼油预处理、脱色脱臭、分馏、冬化等工艺对的深海鱼油进行处理，该工艺将脱色脱臭结合在一起，在较低的温度下进行油脂的精炼同时缩短了加热时间，有效的防止脱臭脱色过程中鱼油中的DHA和EPA因温度过高而分解以及减少氧化的可能性，同时控制反式脂肪酸等污染物的产生，提高产品的DHA和EPA的含量；同时通过精炼以及改进的二次冬化的过程进一步提高鱼油中的DHA和EPA的含量，最终经过该方法处理得到的鱼油中的DHA和EPA含量比普通鱼油高3倍以上，能够直接应用于保健品、婴儿食品中。