本发明提供一种卷枝毛霉（Mucorcircinelloides）在降解棉酚中的应用，针对现有技术中尚未记载有关卷枝毛霉（Mucorcircinelloides）领域在降解棉酚方面应用的技术现状，且现有棉籽粕作为我国第二大植物蛋白资源，本发明旨在为棉籽粕生物脱毒技术提供具有降解率高且发酵性能稳定的菌株，通过采用卷枝毛霉（Mucorcircinelloides）在降解棉酚中的应用，具有较高的降解棉酚的特性，同时具有培养条件简单，繁殖快的特点，棉酚降解率为67.5%，利用该菌株棉酚降解能力对棉籽饼粕进行脱毒，对于微生物菌种应用技术领域具有广泛的应用价值。