本发明公开了一种低农残灵芝三萜提取物及其制备方法，所述制备方法包括如下步骤：(1)固液萃取：在灵芝三萜提取物粉末中加入正己烷和丙酮混合溶剂，边加边搅拌，静置，将所述混合溶剂和所述灵芝三萜提取物分离，得灵芝三萜沉淀；(2)溶剂回收：向步骤(1)所述灵芝三萜沉淀中加入乙醇溶解，减压浓缩去除所述正己烷、所述丙酮和所述乙醇，真空干燥，粉碎，即得低农残灵芝三萜提取物。本发明以灵芝三萜提取物为原料，通过正己烷和丙酮混合溶剂固液萃取达到脱除农残效果；其中，成品灵芝三萜提取物农残检测项符合USP561农残标准及中国台湾卫福部农残标准；同时，本发明灵芝三萜提取物的成品相对收率＞90％，且有机溶剂残留符合2015版《中国药典》标准。