本发明公开了一株产硫酸软骨素ABC裂解酶的重组酵母菌及其应用，属于生物工程技术领域。本发明将来源于普通变形杆菌ProteusvulgarisATCC33420的硫酸软骨素ABC裂解酶进行异源表达，选取pPIC9K载体，通过甲醇进行诱导，实现了硫酸软骨素ABC裂解酶在毕赤酵母GS115中的分泌表达，并通过设计的硫酸软骨素ABC裂解酶‑酶膜反应器实现了小分子硫酸软骨素的高效连续生产，并使硫酸软骨素ABC裂解酶得到了循环利用，大大降低了生产成本。本发明以食品级酵母菌作为宿主菌株，安全可靠，为工业化绿色生产小分子硫酸软骨素A、B和C提供了有效的参考与借鉴，同时节能减排，经济效益和社会效益显著。