本发明属于生物发酵中药技术领域，尤其涉及一种乳酸菌发酵黄芪的微生态制剂及其制备方法和应用。一种乳酸菌发酵黄芪的微生态制剂，所述微生态制剂是由保加利亚乳杆菌和嗜酸乳杆菌在含有黄芪粉的发酵基质上制备而成，其中所述发酵基质按质量百分比计包括以下成分：黄芪粉1~20%，乳粉5~20%，蔗糖1~5%，酵母提取物0.01~0.5%。本发明微生态制剂通过微生物发酵黄芪粉，并选择合适的发酵温度和发酵时间，提高黄芪和益生菌的协同作用。本发明微生态制剂作为保健食品或功能性饮料，可用于缓解体力疲劳，改善机体新陈代谢，促进胃肠功能，增强机理免疫力。