本发明提供一种功能性κ‑卡拉胶寡糖的酶解制备方法，属于生物工程领域。以麒麟菜为原料采用高温水提法提取卡拉胶，利用发酵制备获得的κ‑卡拉胶裂解酶降解卡拉胶制备κ‑卡拉胶寡糖。本发明通过开发可生物降解卡拉胶多糖的κ‑卡拉胶裂解酶，再利用酶工程技术取代传统的化学降解法制备κ‑卡拉胶寡糖，使不易被人体吸收利用的高黏度多糖降解成富含生理活性的卡拉胶寡糖，以及一些小分子活性物质，实现红藻资源的高值化利用。