本发明公开了一种磁性螺旋形游动微机器人的制备方法及其操控系统，该方法包括：选取与用户所需磁性螺旋形游动微机器人结构参数相同的螺旋藻生物模板、固定强化、胶态钯活化、解胶、化学镀镍、清洗烘干。该系统包括嵌套线圈机构、正负接线柱、容器平台、驱动器、数字量模拟量转换装置、上位机及观测记录装置；嵌套线圈机构由三对亥姆霍兹线圈采用正交嵌套方式组装形成；上位机通过数字量模拟量转换装置、驱动器与正负接线柱连接；容器平台位于嵌套线圈机构的中心；观测记录装置安装在嵌套线圈机构的上方。采用本发明提供的方法及系统能够实现不同结构参数的磁性螺旋形游动微机器人的可控化、批量化制备，实现磁性螺旋形游动微机器人的精准操控。