本发明属于生物工程领域，公开了一种高产雷帕霉素链霉菌的选育方法，针对现有技术中高产雷帕霉素链霉菌的选育方法中存在的诱变方法随机、方向不易掌握、理想个体筛选困难的问题，本发明的技术方案是：以常温常压等离子体(ARTP)/紫外复合诱变，并进行链霉素抗性突变选育，筛选出产雷帕霉素水平高的菌种。方法涉及ARTP/紫外诱变的复合诱变及链霉素抗性筛选，包括起始菌株的筛选、菌种诱变和摇瓶培养。采用此复合诱变和抗性筛选相结合的方法获得的优良菌种，遗传稳定性较好。