本发明涉及一种微生物水质调节剂，包括以下重量份数的各组分：光合细菌10‑15份、硝化细菌10‑15份、芽孢细菌10‑15份、乳酸菌3‑5份、微藻5‑8份、饵料1‑2份和包衣2‑3份。还涉及一种微生物水质调节剂的制备方法，包括以下步骤：将包衣分成三等分，分别为包衣Ⅰ、包衣Ⅱ、包衣Ⅲ；将硝化细菌和芽孢细菌进行混合，并装入包衣Ⅰ的内部空腔中；将光合细菌和微藻进行混合，并装入包衣Ⅱ的内部空腔中；将饵料和乳酸菌进行混合，并装入包衣Ⅲ的内部空腔中；将三个包衣圆球进行混合，并将其投入水产养殖系统中形成微生物水质调节剂。本发明的微生物水质调节剂通过将不同成分放入不同包衣圆球内，使得不同包衣圆球进行不同速度的下沉，达到了非常好的水质净化效果。