本发明涉及一种水产养殖污水杀菌剂的配制方法，其配方(按重量百分比):玉米肽0.7‑1.7%,嗜热侧孢霉0.1‑1.1%,阿魏酸0.8‑1.8%,泾阳链霉菌1.1‑2.1%,杜仲提取物0.9‑1.9%,阴沟肠杆菌1.2‑2.2%,氯化钠0.2‑1.2%,摩西球囊霉0.5‑1.5%,碳酸氢钠0.6‑1.6%,无花果1.8‑2.7%,双乙酸钠1.6‑2.6%,短小芽胞杆菌2.2‑3.2%,无患子1.1‑2.1%,木鳖子1.9‑2.9%,固氮放线菌2.1‑3.1%,地衣芽胞杆菌2‑3%,连翘1.2‑2.2%,燕麦葡聚糖1.5‑2.5%,水78.5‑60.6%。本发明具有具有微生物细胞相关的生理、生化反应和代谢活动受到了干扰和破坏，最终导致微生物的生长繁殖被抑制，甚至死亡，真正把菌杀死。