本发明公开了一种能大量富集糖蛋白的核壳式硼基化磁性微球的制备方法，首先以六水合三氯化铁、醋酸盐为原料，采用溶剂热法制备纳米四氧化三铁磁性微粒；采用溶胶凝胶法将纳米四氧化三铁磁性微粒表面包覆一层SiO2；对包覆有SiO2的磁性微球进行修饰，使其表面含有活性的乙烯基官能团；通过聚合反应制备表面富含氨基的核壳式磁性复合微球；将表面氨基和羧基苯硼酸酯通过酰胺化反应修饰上大量硼酸酯基团，得到核壳式硼基化磁性微球。本发明制备的核壳式硼基化磁性微球，粒径分布均一，结构规整，磁含量可控，并且具有高磁响应性以及表面可修饰的特性，能在生理条件下分离纯化糖蛋白，分离能力良好，是一种极具应用前景的生物磁性分离材料。