本发明提供一种用于降低初生仔猪弱腿症发病率的组合物及其制备方法，组合物包括25‑羟基维生素D3微囊粉以及蛋氨酸锌；所述25‑羟基维生素D3微囊粉包括囊心物、包囊材料和乳化剂，所述囊心物按照质量份包括0.05‑0.1份25‑羟基维生素D3以及1‑1.5份稳定剂；所述囊心材料按照质量份包括28.1‑35份变性淀粉、5‑6份动物蛋白质、2.5‑3份纤维素衍生物、5‑5.5份糖类以及45‑49.45份麦芽糊精；所述乳化剂为1‑1.5份吐温；所述蛋氨酸锌为4.9‑9.3份。该组合物能够降低仔猪在出生后及以后养殖过程中的弱腿症现象，显著提高仔猪的成活率。