本发明涉及一种酶催化与微生物共酵特医食品的制备方法。一种酶催化与微生物共酵特医食品的制备方法，将原料先经蛋白酶酶解后，再经酵母菌单独发酵，然后再经酵母菌和乳酸乳球菌乳亚种共发酵后制得。本发明首次将酶催化与微生物发酵应用到特医食品的生产中，通过蛋白酶的催化作用将蛋白质水解成小分子的氨基酸和多肽，易于人体消化吸收；同时分解的营养物质有利于后续酵母菌和乳酸乳球菌乳亚种的发酵，先酵母菌发酵消耗了氧气，为乳酸乳球菌乳亚种生长提供无氧环境同时产生增益物质，乳酸乳球菌乳亚种以乳酸及酵母的增益物质为底物产生具有防腐效果的天然生物活性抗菌肽‑乳酸链球菌素，在无需添加防腐剂的条件下达到防腐抑菌和抑制肠道原核病原微生物的效果。