本发明提供了一种冰冻切片包埋剂及其制备方法和应用，涉及临床学应用技术领域，本发明提供的冰冻切片包埋剂，包括蔗糖、增稠剂、稳定剂、塑化剂、助溶剂、抗菌剂和水。通过各特定组分和配比之间的协同配合，使得本发明提供的冰冻切片包埋剂稳定性强，具有不破坏生物组织、冻结速度快、切片无皱折、韧性较好的优点，且各组分均无毒副作用，使得本发明提供的冰冻切片包埋剂安全、有效、无毒、无污染。此外，其成本低廉，可工业化生产，满足了国内市场的需求。本发明提供的上述冰冻切片包埋剂的制备方法，包括将配方量的原料混合均匀。该方法工艺简单，操作简便，可节约大量的人力物力，便于工业化生产。