本发明公开了一种高浓度生物菌氨基酸水溶肥料的制备方法，通过蛋白原料酸解得到的水解产物作为活性氨基酸，尿素和硝酸铵溶液化学反应生成硝铵，利用硝铵溶液和活性氨基酸溶液反应，在反应过程中配比微量元素硼酸、硫酸锌和硫酸锰制得水溶性氨基酸肥料，同时利用氨基酸菌属在种子培养和发酵培养步骤中优选、纯化适宜高浓度的氨基酸菌属，将获得的高浓度氨基酸菌属扩大培养添加到水溶性氨基酸肥料中，得到价格低廉、生物利用度高的氨基酸微生物肥料，本发明提供的氨基酸微生物肥料的制备方法简单，成本低，微量元素含量丰富，氨基酸含量高并且含有大量的微生物，促进作物机体的健康茁壮成长，大幅度促进作物增产，应用前景广阔。