本发明公开了一种基于微囊化的提高发酵果汁贮藏期益生菌活性的方法，属于微生物工程技术领域。本发明的方法利用海藻酸钠和氯化钙反应形成的球状结构，将活性益生菌和保护剂与发酵果汁中的有机酸隔离，减缓了有机酸对益生菌的侵害，同时，在海藻酸钠和氯化钙反应形成的球状结构内，保护剂又从多角度保护了益生菌的活性；利用本发明的方法制得的发酵果汁饮料(pH＜4)在21天货架期内益生菌依然保持75％以上的存活率。