本实用新型公开了一种发酵仓专用通风排水结构，包括设于发酵仓侧边的设备机房内的低位储水室，所述低位储水室的侧边设有水气分离室；所述水气分离室与低位储水室相连通；所述水气分离室与发酵仓内的通风排水孔相连通；所述设备机房内设有高位储水室，所述高位储水室与低位储水室之间通过渗滤液泵相连接；所述设备机房内设有高压风机，所述高压风机的出风端与水气分离室相连通。本实用新型结构简单，设计合理，节约空间，使用方便，通风排水效果好。