本发明公开了一种超分子水凝胶的制备方法及运用方法，属于医学生物工程领域。所述超分子水凝胶的制备方法包括以下步骤：称取D型Fmoc‑Phe凝胶因子；将D型Fmoc‑Phe凝胶因子溶解在pH值为7.4的缓冲液中，得到第一混合溶液，确保第一混合溶液中的所述D型Fmoc‑Phe凝胶因子的浓度在6‑20mg/mL；将第一混合溶液震荡30s，然后在80‑100℃加热5min‑2h得到均匀溶液；将均匀溶液放置5‑30min，形成均匀透明超分子水凝胶。本发明超分子水凝胶的制备方法及运用方法水凝胶可以直接用于抑制细菌的生长，抑菌效果好，而且得到的超分子水凝胶在长达十个月的放置期间没有性状变化。