本发明公开了一种富硒生物有机肥料及其生产方法，包括以下重量份的原料：畜禽粪便14500‑15800份、腐熟专用酶菌复合剂1.1‑2.2份、无机硒7‑9.6份和微生物菌剂0.8‑1.5份。本发明可使新鲜畜禽粪便24小时内达到符合相关行业标准的成品富硒生物有机肥；可直接使用畜禽粪便进行发酵，无需添加辅料；采用全自动操作系统，大大降低了劳动强度和人力成本，可以实现标准化、工业化生产；生产的富硒生物有机肥质量稳定，养分含量高，产品中的硒元素为有机硒和纳米硒，毒性大大降低，安全性有保证，而且硒元素逐步释放，避免了使用过程中的大量流失，为畜禽排泄物的无害化、资源化利用、生产富硒农产品提供一举多得的解决途径。