本发明公开了一种蛋白质电泳分离纯化方法，使用电泳分离纯化装置将待分离液按照下列所述的步骤进行分离：将待分离液的PH值调整为待分离组分的等电点使待分离组分不带电，待分离液的离子强度调整为0.05‑0.1，其温度控制在0‑6℃；将泳分离纯化装置内的电泳电源电压控制在50‑300V之间，电流为25‑30mA，待分离液进入电泳分离纯化装置的上样进液狭缝的线性流速度为0.7‑1cm/min；待分离液在电泳分离纯化装置中下移，在电泳分离纯化装置下部的等动力收集槽对分离出的各个不同的蛋白组分进行收集；本发明与现有技术相比，实现了蛋白质的批量分离，且分离效果佳。