本实用新型公开了一种电泳分离纯化装置，包括箱体，箱体包括通过正极箱体壁和负极箱体壁形成的呈″八″字形的侧壁和设置在其底部的等动力收集槽，″八″字形的侧壁顶部开有进液狭缝；等动力收集槽包括对称设置的左半槽和右半槽，左半槽包括倾斜设置的隔离板和多个分割块，多个分割块等距设置在隔离板与正极箱体壁或负极箱体壁之间，且左半槽中的隔离板和右半槽的隔离板呈″八″字形设置，两隔离板之间、相邻的分割块之间、隔离板与其相邻的分隔板之间以及正极箱体壁或负极箱体壁与其相邻的分隔板之间均设置有排液管；本实用新型与现有技术相比，实现了蛋白质的批量分离，且分离效果佳。