本发明公开了一种乳酸菌和丙酸菌复合的保鲜菌种冻干粉及应用，包括如下步骤：S1：选取乳酸菌和丙酸菌进行发酵培养，将乳酸菌和丙酸菌按照1:1~1:1.5混合置于培养基中，一定温度下厌氧培养一定时间，获得复合菌种发酵液；S2：将步骤S1所得到的复合菌种发酵液进行在一定条件下离心一定时间，得到乳酸菌和丙酸菌混合沉淀和上层清液；S3：向步骤S2得到的乳酸菌和丙酸菌混合沉淀中加入冻干保护剂，混匀，冻干得到复合菌种冻干粉。本发明的目的在于提供一种乳酸菌和丙酸菌复合的保鲜菌种冻干粉及应用，用于抑制发酵乳和霉菌的生长，改善发酵乳品质，延长保质期。