本发明公开了一种高纯度的甘油磷脂酰胆碱制备方法，该方法包括如下步骤：步骤(1)以硫酸氢四丁基铵或氯化苄基三乙基铵，氯化磷脂胆碱钾盐和氯‑甘油为原料于甲醇中回流反应，步骤(2)在步骤(1)中得到的产物经正丁醇萃取除杂，步骤(3)再经离子柱层析纯化，得到高纯度的甘油磷脂酰胆碱。该高纯度的甘油磷脂酰胆碱制备方法工艺简单，反应时间短，易于操作，工艺易于工业化生产，本发明以硫酸氢四丁基铵或氯化苄基三乙基铵为催化剂，催化氯化磷脂胆碱钾盐和氯甘油反应，得到含有杂质的甘油磷脂酰胆碱，经正丁醇萃取后再经离子交换树脂制得高纯度的甘油磷脂酰胆碱，本发明制备的甘油磷脂酰胆碱，该工艺简单，易于操作，正丁醇和离子交换树脂均可重复利用。