本实用新型涉及农业生物工程育种用烧杯技术领域，尤其涉及一种农业生物工程育种用烧杯清洗装置。本实用新型要解决的技术问题是现有烧杯清洗方式效率低以及残留液体容易对人体的手部造成损伤。为了解决上述技术问题，本实用新型提供了一种农业生物工程育种用烧杯清洗装置，包括清洗箱，所述清洗箱内壁的底部与设备箱的底部固定连接，所述设备箱内壁的两侧分别与蜗杆的两端固定连接，所述设备箱内壁的底部固定连接有电机。本实用新型通过清洗棒转动使清洗棉对烧杯的内壁进行清洗，同时清洗棒上的喷水孔喷射水雾，增强对烧杯内壁清洗的效果，而且该装置无需手动清洗，避免了残留液体对人体手部造成的伤害，从而提高了清洗效率。