本发明属于生物工程技术领域，涉及一种基于全基因组结合生物信息学定向筛选产目标产物菌株的方法，尤其是一种基于全基因组结合生物信息学定向筛选产角鲨烯菌株的方法。本发明基于生物信息学的方法，对角鲨烯的合成代谢途径及关键基因进行分析，根据已测序完成的微生物全基因组数据，获得具有产角鲨烯的代谢途径和潜在能力的菌株；然后根据其代谢途径的类别、关键酶特性和底物要求，针对性的设计和优化发酵培养基和发酵条件，从而定向筛选获得产角鲨烯的目标菌株。最终获得了酱香型白酒酿造过程中具有产角鲨烯能力的粟酒裂殖酵母。本发明可高效、定向筛选产角鲨烯菌株，对其它目标产物的筛选也同样具有重要的指导和应用价值。