本实用新型提供了一种电机一体化的磁悬浮生物反应器搅拌装置，包括包裹材料、永磁内转子、筒形磁钢、励磁线圈、上悬浮磁铁、下悬浮磁铁、搅拌轴、桨叶，所述永磁内转子与搅拌主轴上部内径互套，在永磁内转子下侧设置有O型上悬浮磁钢，上悬浮磁钢下方设置有O型下悬浮磁钢，上悬浮磁钢与下悬浮磁钢反向放置，呈互斥作用力，搅拌主轴从其中孔通过，搅拌主轴下方设置有搅拌桨，本实用新型与传统搅拌轴相比，其具有罐体内外完全隔离，无泄漏风险，采用磁悬浮设计，实现无阻力、无振动，使用电机一体式设计，无磁通饱和现象，搅拌力度更大，效率更高。