本发明公开了一株含有Rpf1p基因的高产核酸酿酒酵母工程菌及其构建方法与应用，属于生物工程技术领域。以Rpf1基因为目的基因，选育的酵母菌株对酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)核仁RNA结合蛋白基因Rpf1进行过表达，与亲本菌株相比，所构建的酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)菌株基本发酵性能不受影响，摇瓶发酵后，选育菌株核酸含量达11.39％，亲本菌株核酸含量为8.43％，选育菌株相比较亲本菌株提高了35.11％。选育的酿酒酵母菌株显著提高核酸含量，在酵母及核酸产业广泛的应用。