本发明公开了一种生物工程用废料处理装置，包括底座，所述底座的顶部焊接有箱体，且箱体的一侧外壁开有出料口，所述出料口的底部焊接有开口箱，所述箱体的顶部位于中间的位置开有进料口，所述箱体底部内壁的两侧均焊接有固定座，且两个固定座的一侧外壁靠近底部的位置均焊接有轴承座，所述箱体的一侧内壁通过螺栓连接有第三电动机，且第三电动机输出轴的一端焊接有第二主动齿轮。本发明能够筛选出废料中的细小颗粒和杂质，并收集在收集槽中集中处理，能够将较大的废料进行粉碎处理，并将粉碎后的废料通过第一挡板传送至磨具处，能够将初步粉碎后的废料再次进行粉碎处理，并将粉碎后的废料通过传送带传送至装置外。