本发明涉及生物工程领域，特别是指大量扣囊复膜酵母的制备方法。步骤为：以小麦面粉为扣囊复膜酵母的培养原料，将经过培养后的扣囊复膜酵母菌液与面粉按照比例混匀后，揉捏或压制成扁平状，然后置于恒温条件下培养，收集面块表面的白色粉状物，即可获得扣囊复膜酵母。本发明提供一种简便有效的扣囊复膜酵母发酵生产方法，此方法可以大批量生产扣囊复膜酵母，使用原料简单，操作方法简便，可直接发酵得到酵母菌粉，无需进行干燥处理，菌粉含水率在9.87%左右；所得扣囊复膜酵母为酵母细胞个体，非酵母假菌丝。