本发明属于生物工程领域，尤其涉及一种Gene drive载体及其构建方法，包括以下步骤：步骤1)cap5A启动子与sgRNA片段的人工合成，步骤2)扩增cas9基因，步骤3)扩增质粒骨架，步骤4)扩增rpsL启动子，步骤5)组装空载体，步骤6)插入靶向的spacer，步骤7)构建载体，本发明尝试结合了新型染色体盒重组酶CcrC2和CRISPR‑Cas9技术，构建了SCCmec killer载体系统，即Gene drive载体，Gene drive载体作用在甲氧西林抗性菌株MRSA，实现了在甲氧西林抗性菌株MRSA中靶向去除葡萄球菌染色体盒SCCmec，从而消除甲氧西林抗性基因。