本发明公开了一种可溶性表达亚油酸异构酶的重组大肠杆菌及其应用，属于生物工程技术领域。本发明将编码麦芽糖结合蛋白MBP的基因malE插入至亚油酸异构酶PAI的基因pai的上游，构建含有MBP‑PAI融合表达载体的重组大肠杆菌。所得重组大肠杆菌BL21(DE3)(pET24a‑Mpai)的PAI的表达量远高于现有技术记载的其他菌株的表达量，重组蛋白MBP‑PAI大部分以可溶蛋白的形式存在。可见，证明本发明的重组大肠杆菌能够高效可溶性表达MBP‑PAI，解决其包涵体过多的问题。