本发明公开了一种土壤修复用多孔微生物制剂的制备方法，包括：1)将节杆菌LHM7719发酵液和沼泽红假单胞菌发酵液混合均匀，加入ACC脱氨酶，混合均匀，即得复合微生物菌液；2)将硅藻土、海藻酸钠、碳酸钙和氯化钙混合，加入步骤1)制得的复合微生物菌液，混合均匀得到分散液；3)向硫酸镁溶液中逐滴滴加步骤2)制得的分散液，生成球状颗粒沉淀，离心分离球状颗粒沉淀，向分离得到的球状颗粒沉淀中缓慢滴加稀盐酸溶液，直至无气泡生成，洗涤，离心，干燥。本发明的方法制得的土壤修复用多孔微生物制剂能够调节土壤pH值，改善土壤板结问题，促进植物生长，并能够降低土壤中土壤中重金属的含量，降解土壤中有机污染物。