本发明涉及一种多维复合酶菌剂及其制备方法与应用，制备方法包括步骤：将细菌混合发酵液、霉菌混合物和酵母菌混合物混合，得到菌种混合物；将菌种混合物接种至固体发酵培养基中，得到发酵混合物；调节发酵混合物的水分，然后堆成锥形堆发酵，得到一次发酵产物；将一次发酵产物进行厌氧发酵，得到二次发酵产物；将二次发酵产物烘干后粉碎，得到多维复合酶菌剂。本发明采用枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、哈茨木霉、米曲霉、粉状毕赤酵母和生香酵母等多种菌种作为发酵菌种，制备得到含有多种高效酶、有益物质和有益微生物群体的具有高活性发酵功能的多维复合酶菌剂，可以用于制备有机肥、饲料和饲料添加剂。