本发明公开了一种用于高盐土壤修复的微生物制剂，该微生物制剂由核壳结构的颗粒组成，所述核壳结构的颗粒包括复合制剂和附着在复合制剂表面的外部壳层；复合制剂包括脱氮生丝微菌(Hyphomicrobium denitrificans)FJNU‑R8菌剂和节杆菌属细菌(Arthrobacter sp.)YC‑RL1菌剂；外部壳层为由无机凝胶、氯化钙和醋酸钙构成的壳层。本发明还公开了上述微生物制的制备方法。本发明的微生物制剂可对土壤中有机物和重金属离子进行高效去除，具有良好的应用前景。