本发明公开一种从油茶籽中制备黄酮苷的方法，由以下步骤组成：将油茶籽脱脂，利用微生物发酵技术对油茶籽进一步处理，将处理后的油茶籽用醇水溶液提取后过滤，滤液浓缩至无醇，使用极性溶剂对滤液萃取，收集到的水液层用乙酸乙酯萃取，将乙酸乙酯层浓缩烘干，得到黄酮苷提取物。本发明提供的制备方法将微生物发酵技术应用于植物活性成分提取，有效提高油茶籽中黄酮苷的提取率，可用于工业化生产。