本发明公开了一种含有叶绿体转运肽的基因序列的应用。通过构建含有叶绿体转运肽序列的磷脂：二酰基甘油酰基转移酶基因表达载体，转化至野生型莱茵衣藻中并进行过表达，强化衣藻TAG合成能力，同时达到TAG积累与微藻生长同步化的目的。本发明将这种转基因衣藻通过正常TAP培养基培养，总脂肪酸含量和TAG积累分别提高22％和32％，实现了蛋白表达和油脂积累与生长同步化的目标，这将对生物能源有着重要作用，在微藻生物工程领域具有显著的应用前景。