本发明提供了用于基因检测的微生物样本保存液及其制备方法、试剂盒与应用，属于生物工程技术领域。本发明提供的用于基因检测的微生物样本保存液，更加有效、全面的微生物灭活能力；使用较低浓度的乙醇，在样本存放过程中能够更加彻底灭活细菌，避免高浓度乙醇造成的细菌应激反应而使灭活失败。在不破坏细胞结构的前提下，具有良好的渗透性，有效破坏细菌和病毒的蛋白活性与各类核酸酶活性，使其不再具有感染或增殖能力，灭活效果彻底。使用含有甘油的细胞保护剂和生理浓度缓冲液，能够维持微生物的细胞结构，避免细胞结构破裂，从而保护细胞内核酸的完整；没有高毒性组分或挥发组分，使用过程中不会产生挥发性毒害。