本发明涉及一种甘蔗种苗的消毒方法，包括如下步骤：直接在待种植的甘蔗地中选择一块空地，并在空地上铺一层衬底，作为消毒用场地；向堆放在消毒用场地内的甘蔗种苗堆喷洒消毒杀菌液；用覆盖膜覆盖已喷洒消毒杀菌液的甘蔗种苗堆，对甘蔗种苗进行消毒处理。与传统甘蔗种苗的浸种消毒方法相比，该甘蔗种苗的消毒方法无需对新采收的待消毒甘蔗种苗进行预处理，无需再设置专用的消毒场所，且能够使消毒杀菌液充分渗入甘蔗种苗体内以达到杀菌除虫的作用，还可以使甘蔗种苗体在播种前吸足水分从而提高发芽率，整体上能够显著节省了大量人工成本，适于大面积推广和机械化大生产。