本发明公开了一种硒化卡拉胶的制备方法，包括以下步骤：卡拉胶于酸性冰水浴条件下超声波降解，在钡离子或钙离子催化下与亚硒酸或其盐反应，加入硫酸钠沉淀除去钡离子或钙离子，调中后通过分离膜分离，最后加入麦芽糊精喷雾干燥制成硒化卡拉胶粉末。本发明中超声波降解卡拉胶，更快速、温和、环保；分离膜过滤更加高效、绿色环保的将有机大分子硒化卡拉胶与小分子硒化卡拉胶及其他无机物质分离开；喷雾干燥的使用使粉末粒度更加均一，生产环节更加卫生，产品纯净度高。