本发明涉及一种用标记探针和特异性引物序列做基因多态性检测的方法及其包括特异性探针和特异性引物序列的试剂盒，适用于生物技术以及医学领域。试剂盒提供了用于同时检测人类MTHFR基因C677T位点、A1298C位点和MTRR基因A66G位点多态性的特异性引物序列和标记探针，其中所述试剂盒含有Taq酶，特异性引物，特异性探针，内标系统。本发明所提供的引物和试剂盒用于同时检测MTHFR基因C677T位点、A1298C位点和MTRR基因A66G位点多态性具有特异性强、敏感度高、操作简单快速、高通量、安全、结果判读客观等优势。