本实用新型公开了一种生物工程用样本采集装置，包括防护管、微型真空泵、采集装置本体、蓄电池、隔板和连接块，所述采集装置本体内部安装有隔板，所述隔板上表面空腔内部安装有蓄电池，且蓄电池一侧安装有充电电源座，所述隔板下表面空腔内安装有微型真空泵和连接块，所述微型真空泵一侧表面安装有吸液管和排液管，所述连接块内部开设有连接槽，所述连接块通过螺纹转动连接有收集罐，所述采集装置本体下表面固定有防护管，且吸液管插接在防护管内部。本实用新型通过设置微型真空泵能够加快液体样本的采集速度，提高工作人员的工作效率，可拆卸和可充电的蓄电池提高了装置使用灵活性，可适用范围也更加广泛。