本发明公开了一种小分子中药和饮料的制备方法及生产系统，本发明提供的水冷式超高压微射流设备高压下通过改变阀芯与阀座之间的梯型环形间隙来调节节流面积，产生超高速射流，原料在反应腔中发生高速撞击、振荡、膨化、气蚀等作用，产生巨大压力降后形成高达200MPa～600MPa的静压力，动能的瞬间转化，将蛋白质、多糖、脂类等大分子立体结构中的氢键结合、疏水结合、离子结合破坏，形成0.1‑10纳米的游离小分子，在范德华力的作用下，分子间完成自组装，形成一元或多元小分子化合物，通过其加工后的人参的粒径减小了300‑2000倍，表面积增加了11万‑400万倍，因此具备纳米材料特有的光、电和量子效应，更容易突破细胞屏障，被人体吸收。