本发明提供了一种利用食用菌菌渣制备蛋白饲料的方法，先取食用菌菌渣与氢氧化钠溶液混合，进行预处理；在预处理液中加入复合酶，进行酶解，高温灭酶后在酶解液中加入益生菌液，密封发酵，将发酵后的混合物干燥、粉碎，即得；所述复合酶是纤维素酶、葡聚糖酶、果胶酶与木质素酶的混合酶；所述益生菌液是用黑曲霉、热带假丝酵母和枯草芽孢杆菌制成的。本发明先采用氢氧化钠溶液对菌渣进行预处理，破坏菌渣的木质纤维，再加入复合酶进行酶解，进一步破坏菌渣的纤维结构，最后采用黑曲霉、热带假丝酵母和枯草芽孢杆菌组成的混合菌进行转化，大大提高了蛋白含量。