本发明属于微生物发酵技术领域，公开了一种多功能酵素液及其制备方法，包括：利用苦参、商陆或稻糠与糖按照质量比获得药草发酵液；将药草发酵液和培养液按照质量比培养得到药草发酵液培养液；将芽孢杆菌和培养液按照质量比培养得到芽孢杆菌培养液；按重量份数比将发酵液培养液、芽孢杆菌培养液、微量元素盐加入配合槽，混合均匀后浓缩得到浓缩液；将浓缩液进行均质、发酵，获得多功能酵素液。该酵素液可以在土壤通过微生物活动加快植物桔杆的腐化，进而提高土壤有机质、养分含量，改善土壤理化性状以及土壤微生物区系，提高土壤活性、植物营养，加速土壤养分的分解，增加微生物代谢物如微生素、氨基酸、植物生长素等，从而活化了土壤提高了肥力。