本发明公开了一种提高设施作物品质的微生物肥料及其制备方法，属于微生物肥料的制备领域。本发明首先公开了一种提高设施作物品质的微生物肥料，包括：腐殖酸、作物秸秆粉、骨粉、羊粪、麦饭石、复合菌剂、氨基酸和黏土。其中，所述复合菌剂由短小芽孢杆菌、节杆菌、侧孢短芽孢杆菌、嗜酸乳杆菌和酿酒酵母组成。本发明进一步公开了一种制备所述微生物肥料的方法，包括：将各组分混合均匀，干燥包装，即得。本发明还公开了所述微生物肥料在提高设施作物品质中的应用。本发明所述微生物肥料含有多种功能性微生物，富含植物生长所需的氨基酸、矿物质及多种微量元素，能够促进作物生长，改善作物外在品相、增加有效物质含量，有效提高设施作物品质。