本发明公开一种处理工业污水的微生物制剂，由核壳结构的颗粒组成，包括由内向外依次设置的复合制剂、中间壳层、外部壳层；复合制剂包括海洋解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)BMF01发酵液和固定化脂肪酶；固定化脂肪酶是由脂肪酶固定在氨基功能化的Al2O3纳米粒子表面得到的；中间壳层为植物胶黏剂构成的壳层；外部壳层为由无机凝胶、氯化钙和醋酸钙构成的壳层。本发明还公开上述微生物制剂的制备方法和应用。本发明的微生物制剂能够高效处理工业废水，使工业废水的有机物、氨氮和重金属得到极大的去除。