本发明公开了基因生物工程技术领域的一种活性短肽基因工程生物合成工艺，该合成工艺的具体步骤如下：S1：诱导表达出特定的肽分子序列；S2：根据肽分子序列称取定量的蛋白质溶于去离子水中；S3：在反应釜中加入蛋白酶，在60～70℃下进行恒温酶解；S4：将酶解液经过一级膜过滤后得到浓缩液和透过液；S5：将透过液经过二级膜截留活性短肽；S6：分离纯化活性短肽，并进行喷雾干燥，得到活性短肽纯品，本发明基因工程合成活性短肽，具有合成的序列长、合成耗费时间短、合成效率和纯度较高、合成的成本低以及合成试剂毒性较小的优点，且合成肽链的产量较大，活性短肽的收率高。