本发明公开了一种通过发酵虾蟹壳制备抗氧化多肽和甲壳素的方法，具体的包含下列步骤：1)向研磨粉碎的虾蟹下脚料中加入适当的碳源，搅拌均匀后121℃灭菌；2)接种5‑10%的混合菌群；3)30‑40℃有氧发酵培养30‑40h，无氧发酵培养15‑20h；4)发酵结束后，采用滤纸将发酵液过滤，分离固体残渣与可溶性溶液；5)将可溶性发酵液8000rpm离心10min；6)将步骤（5）所得离心后的发酵液，用10kDa、1kDa的滤膜截留，将发酵液分成1‑10kDa，大于10kDa，小于1kDa三个组分；7)将步骤（4）所得固体残渣清洗晾干。8)将步骤（7）所得的固体残渣晾干采用稀醋酸处理后即得粗甲壳素；9）将步骤（8）所得粗甲壳素脱色即得甲壳素。本发明的方法可以得到高抗氧化能力的多肽以及甲壳素，本方法操作简单，极大的降低了生产成本，减少了环境污染，实现了虾蟹加工下脚料的高值化利用。